根据记载于公元1301年成就者‘拔染巴’将此地正式的改为佛教寺庙并在此修行成就，之后突然有一天来了十六名高僧据说是十六罗汉的化身在河边种下十六颗杨树，并围绕着寺院在河边种了一圈藏杨树。

之后公元1653年第五世达赖喇嘛阿旺罗桑嘉措应邀清朝政府进京往返途径此处时再次将寺院改名为嘎丁寺并将派系改为格鲁派，认定嘎丁赤智活佛为该寺主持活佛，赐封相关权责赏赐官马、珠宝、官牌等。

之后有切仓松然尖措上师的历代转世嘎丁囊索活佛和次成仁青上师的历代转世活佛为该寺四位活佛，当时在藏区嘎丁寺被称为第三级寺院僧侣达到八百多人，在玉树地区乃至整个藏区是一所特别著名的寺院，在特殊的历史阶段加上她在青藏交界的特殊地理位置也曾遭受过战争的洗礼。

1983年改革开放之后该寺得到了政府的开放许可，并认定第十三世嘎丁赤智成林更恰活佛为寺院法人，之后成林更恰活佛拜见第十世班禅大师，应的正确指引改革开放的大好良机下顶着当时艰苦的环境和落后的经济条件，活佛依然决心重建寺庙。

从第一间土木结构的诵经堂开始再到闭关殿、食堂、活佛行宫、僧舍、护法殿到大雄宝殿等活佛自己担任设计、技术工再到到监理，加上当地老百姓的大力支持嘎丁寺又开始了一次新的历史起点，往后在国家的相关的开放政策和全寺上下僧众不懈的努力下寺院越发的兴盛。

寺院第一栋真正的水泥钢筋结构的建筑于1998年正式开工，而这一耗资耗力投入最大的建筑，就是一所小学也就是现在毛庄乡第二小孜荣寄宿小学的前生。

活佛为解决周边适龄儿童的上学难的问题，建造了这所小学并按照国家九年义务教育的规定，同步开设课程，为解决师生的食宿经费开支，活佛到国内外弘扬佛法讲经筹集善款。

之后在上级政府的支持和国家相关的惠民政策的落实加上国内外佛教信徒的大力支持，寺院在保留维护老旧建筑和历史遗迹的同时，开始建造以现代化建筑为主体的大雄宝殿、活佛行宫、护法殿、闭关中心、僧舍70余套/间、警务室、医务室、食堂、公共厕所等所有建筑均符合国家相关规定和要求。

由于嘎丁寺悠久的宗教文化历史，寺院的活佛有不同寻常的口耳传承的灌顶加持力，有九年九个月九日和三年三个月三天的闭关修行密级金刚仪轨传承。

寺院文物保留方面也当数一数二，从各式各样完整的佛法器具再到各个护法本尊佛菩萨的佛像，从上百册旧版大藏经到数卷大型壁挂唐卡。

因此嘎丁寺于1998年正式批准为省级文物保护单位，2011年玉树灾后重建之后由省文物局再次立碑下文嘎丁寺为省级重点文物保护单位。

寺院里现有三位活佛分别是；嘎丁赤智成林更恰活佛、囊索松然巴旦争尕哇活佛、阿次智古活佛，僧侣99名。

寺院在省州县个级政府和省委州委县委统战的正确领导下、在全寺僧侣不断努力下，至今在寺未出现过一个有任何违违规法行为或破坏团结稳定的僧侣，因此先后获得爱国爱教、先进文明、团结守法等荣誉，也成为国内为游客到玉树旅游的重要景点以及玉树地区的重点旅游景区。

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