吕建福教授：南京佛教之传入与发展略述
发布时间：2024-06-25 04:04:15作者：大众学佛网内容提要
南京，古称“建邺”、“金陵”，历史悠久，文化发达。六朝古都南京之佛教，始自东汉末年。支谦译经、康僧会传教，为南京佛教之初传，亦吴地佛教之始。东晋时南京佛教渐兴，至南北朝而达鼎盛。其时南京佛教寺院林立、钟罄相闻，梁代达2846所，杜牧诗句“南朝四百八十寺，多少楼台烟雨中”，仅言其多而已。其时南京为全国佛教学术之中心，译经讲学、义学研究非常发达，众多高僧云集南京，并出现三论学、涅槃学、毗昙学、摄论学等各家师说，为隋唐时期中国佛教判教立宗，出现各种宗派奠定了基础。
陈隋之际，智者大师于南京瓦官寺、光宅寺讲经，后至浙江天台山创立天台宗，南京光宅寺、瓦官寺亦为其祖庭之一。法郎于南京皇兴寺大弘三论，后弟子吉藏创立三论宗。其时南京栖霞寺为天下名刹，乃“天下四大丛林”之一。至盛唐，南京牛首山法融禅师又创禅宗之牛头宗派。五代时文益禅师于清凉寺三座道场，开禅宗法眼宗一系。故佛教之三论宗及禅宗中牛头、法眼两系皆发源于南京。宋代着名禅僧圆悟克勤、真歇清了禅师住南京，大振宗风。
明初建都南京，太祖朱元璋于天界寺设善世院，整顿、管理全国佛教。万历初年如馨法师于南京古林寺中兴律宗。明《南藏》雕印于南京。清代同治年间南京又创立近代着名的印经弘法机构金陵刻经处，推动了中国近代佛教的复兴。
关键词：南京佛教 传入 发展
作 者：吕建福，金陵刻经处副主任，副研究员。
刘大任，南京佛教协会 副会长。
一、东吴时期
佛教传入南京时间在东汉末年。早在此之前，公元52年，江苏徐州一带由于汉明帝异母弟楚王英兼信黄老和佛教，已有佛教活动。后楚王英被贬江南泾县(今安徽宣城)，而将佛教传播至江南。汉中平六年(公元189)，丹阳人笮融在广陵、下邳、彭城(今扬州、徐州一带)之间建塔造像、推行佛教，又使佛教扩展至淮泗流域。
东汉末年，公元223年至253年，由于北方战乱连年，洛阳、长安(今西安)等地的北方居民为躲避战乱大批南迁，北方的佛教僧人和居士随之而来，再一次将佛教传入江南。其中最着名的人物是支谦。支谦祖籍西域月支国，博通六国语言，曾从支谶的弟子支亮就学。支谦避乱来到东吴建业(今南京)，为孙权所重，拜为博士。约三十年间，支谦共翻译佛经三十六部四十八卷，重要者有《大明度无极经》、《维摩诘经》等，在佛教义学方面主要弘扬般若学。支谦在南京的译经弘法，可以说是南京佛教初传之始，也是佛教在吴地正式传播的开始。
另外佛教也从南方传来。当时南海交通发达，佛教从海路经由林邑(也称占城、占婆，今越南中南部)、扶南(今柬埔塞)传到交州和广州。自华北南下佛教和交州、广州北上的佛教在东吴汇合，就在首都建业(今南京)得到发展和传播。南下的代表人物是支谦，北上的代表人物则是康僧会。赤乌十年(公元247)年，天竺僧人康僧会经广州来到南京，虽晚于支谦数十年，但对吴地佛教的影响很大。在康僧会来到南京前6年，公元241年，支谦即从沙门竺法兰受持五戒，并退隐山中。据《高僧传》记裁，“康僧会至建邺，权初不信佛，试打舍利，具显神异，遂大嗟服，并为建塔，号建初寺。”孙权为康僧会摄服而造建初寺，是江南(也是
南京)有寺院之始。公元256年，孙皓即位。孙皓性情昏暴，康僧会以佛教相劝，“以皓性凶粗，不及妙义”。所以康僧会便以佛教因果报应的事实规劝，来启发孙皓的心灵，取得了一定的成果，对佛教在吴地的传播和发展贡献很大。因此，一般佛教史籍都将康僧会的传教活动作为江南佛教的开端。
康僧会在南京翻译了《六度集经》二部十四卷、《阿难念弥陀经》等，并注《安般守意经》等，还有《六度要目》、《泥洹梵呗》等撰述。康僧会的文字，雅丽畅达，且能用佛教融汇道两家思想，为佛教与中国文化的结合、传播作了重要贡献。在康僧会之后，许多高僧云集建邺，传教译经，至东晋、南北朝，佛教更为兴盛。
二、东晋时期
西晋历时不长，约50余年，但其间玄学得到较大发展。佛教般若学的空无学说与魏晋玄学有相通之处，在士大夫阶层间也有较大发展。当时以关中的长安、中原的洛阳和江南的建邺为全国佛教的三个重镇。相比较而言，北方洛阳、长安的佛教较南方建邺(南京)更为兴盛。自公元316年西晋灭亡，中国陷入长时期南北分裂的局面，北方为十六国混战，南方东晋王朝以南京为首都。西晋亡后，洛京(洛阳)的名僧、名士如康僧渊、康法畅、支愍度、
帛尸梨密多罗、于法开、于道邃、竺法汰、竺法深等皆自中原南下至建康，同时将中原的佛教思想及玄风带到南京。自公元317年至420年，历时百余年，南京佛教逐渐兴盛，至南朝逐渐鼎盛。
东晋建都于南京，贵族、士大夫云集于南京，其时帝王贵族及士大夫大多奉佛，因此南京佛教逐渐发达。晋元帝曾诏令沙门竺道潜入内殿讲经，可以着屐登殿。晋明帝善画佛像，并在皇兴寺召集僧侣讲论佛道。晋哀帝曾请竺道潜入宫讲《大品般若》。简文帝亲自去瓦官寺听竺法汰讲《放光般若》。孝文帝甚至在殿内建精舍，请佛教僧侣居住，并允许沙门出入宫廷，参与国家政事。晋慕帝更是深信佛教，造大佛像，亲往瓦官寺迎接。其时贵族士大夫、文人名士也许多奉佛。王导、王敦、谢安、郗超等与僧人交往密切，文人名士如许珣、王羲之、顾恺之、谢灵运、孙绰等，都尊重高僧、谦虚问学，或执弟子礼。孙绰提倡三教一致，着《喻道论》、《道贤论》、《名德沙门题目》，赞叹沙门。郗超着有《奉法要》，并与竺法汰、支遁等论说般若，被誉为“一时之俊”。皇室贵族及文人名士的奉佛，大大推动了佛教在社会上的发展。皇室贵族还竞相修建寺庙。晋元帝建有瓦官寺和龙官寺，晋明帝建皇兴寺和道场寺，晋成帝建中兴寺和鹿野寺，简文帝建波提寺和新林寺，康帝褚后建延兴寺，穆帝何后建永安寺(何皇后寺)，这些佛寺都建在南京及其周围。
在佛教思想上，东晋时期的南京佛教继承了东吴、西晋以来的传统，仍以般若学为主流，且更为盛行。其时皇室贵族及士族名流几乎无不研习般若，而佛教沙门许多也以讲习般若而为名僧。当时般若学的盛行有“六家七宗”之说。宣讲般若学的名僧有竺法汰、竺道潜、支愍度、支遁(道林)等。支遁(314—366)影响很大，为“六家七宗”中即色宗的代表人物，着有《释即色本无论》、《即色游玄论》、《道行旨归》、《妙观章》等，融汇般若空观和庄子的思想。曾为晋哀帝讲《通行般若》，郗超、王羲之等名士皆遵从其说。在译经方面，东晋初年西域名僧帛尸梨密多罗从洛阳来到南京，丞相王导拜其为师，亲自为他驾牛车，称“高座”法师，并为其建高座寺。帛尸梨密多罗在南京译出《大孔雀明王神咒经》等密教经典，最早把密宗传到南京，也是密宗第一次在中国得到传播。帛尸梨密多罗还通梵呗，扩大了梵呗在江南的流行。佛陀跋陀罗于义熙九年(公元413)从庐山经荆州来到南京，为刘裕所重，住道场寺传习禅法。不久，义熙九年(413)秋，法显西行求法归来，由山东崂山南下至南京，在道场寺同佛陀跋陀罗、宝云等共译佛经，据法显携归的梵本译出《摩僧只律》四十卷、《大般泥洹经》六卷等。义熙十四年(公元419)佛陀跋陀罗又与沙门法业、慧严等百余人译出《六十华严》。《六十华严》的译出，对后来佛教义学的发展影响很大。
东晋时南京的佛教艺术也有较大发展。随着皇室贵族、士大夫阶层普遍奉佛，佛教造像艺术发展很快。太宗元年(公元323)晋明帝司马绍在东贤常亲画佛像，所谓“手绘如来之容，口味三昧之旨”。支遁为沙门于法兰造名僧像。这时还出现了“夹紵像”。戴逵为南京瓦官寺造五方佛像(夹紵像)，顾恺之为瓦官寺画“维摩示疾图”，并狮子国赠送的玉佛像，称“瓦官寺三绝”。
在佛教与政治的关系上，由于当时帝王贵族及士大夫阶层大多奉佛，所以佛教基本上受政治的支持，发展很快。据唐法琳《辨正论》说，东晋共有佛寺1768所，僧尼24000人，较之前朝更为发达。但佛教某些思想(如“沙门不敬王者”)与中国佛统礼法有一定的矛盾，而佛教发展形成的新阶层(僧侣阶层)对社会经济和政治也有一定影响，所以在东晋末年，太尉桓玄专政时曾斥责佛教，要求沙门必须尊敬王者，但遭中书令王谧、高僧慧远的反对。桓玄从社会政治管理的角度，要求稽查沙门名籍，也未成功。后桓玄篡位成功，为求安定便取消此议。
三、南朝时期
公元420年，刘裕以“禅让”方式取东晋而代之，建立宋朝，史称“刘宋”。从此，中国南方进入南朝时期。刘宋后又相继出现齐、梁、陈三朝，共一百六十九年。中国北方则有北魏、东魏、西魏、北齐、北周各个时期，史称北朝。至公元581年，杨坚以“禅让”方式取代北周，建立隋朝。八年后，隋灭陈，南朝结束。
南朝宋、齐、梁、陈各代，均以南京为首都。佛教在东晋已有较大发展，至南朝，有了东晋时期的发展基础，更是持续高涨。据唐法琳《辨正论》，南朝至梁代，佛寺有2846所，僧尼82700人，比东晋时寺院增加千余所，僧尼增加三倍多。杜牧诗“南朝四百八十寺”，极言其多而已，现可考者仍有二百多寺。
以刘宋(公元420—479)朝庭经历八帝。帝王们教崇信佛教，采取了保护和支持佛教的政策，因而许多外国僧人纷纷来到江南。
宋永初元年(公元420)，武帝召请沙门道照在宫殿设斋，任瓦官寺法和为僧主。同年，范泰(范伯伦)在京城大造只洹寺。后只洹寺成为京城佛教中心，许多外国僧人来南京住只洹寺译经。元嘉元年(公元424)，昙摩密多在南京只洹寺译出《治禅病秘要法》等禅观经典。
僵良耶舍在这一年(424)来到建康(南京)，翻译了后世净土宗的基本经典《观无量寿经》。求那跋摩于元嘉八年(413)来到宋都建康(南京)，翻译了《菩萨善戒经》、《四分羯磨》、《优婆塞五戒》、《优婆塞二十二戒》等二十六卷，以及《杂阿毗昙心论》后三卷。元嘉十一年(434)，求那跋摩在南林寺设立戒坛，为僧尼授戒，这可能是中国最早的戒坛。这时狮子国(斯里兰卡)比丘尼铁索罗经海路来到建康，为尼众授二部僧戒，同受戒有三百余人，中国从此才有了如律的比丘尼僧团。求那跋陀罗于元嘉十二年(435)到广州，文帝请他到建康，住于只洹寺，文帝很尊敬他，名士颜延之、王义康、王义宣等均拜他为师。孝武帝也以厚礼相待，天旱时请他祈雨。求那跋陀罗翻译了《杂阿含经》、《胜鬘经》、《相续解脱经》、《楞伽经》等，由弟子宝云和法勇口诵译出。中的《楞伽经
》，对后世禅宗系统的影响很大。元嘉十三年(公元436)，慧观、慧严、谢灵运等校对改订《大般涅槃经》完毕，史称南本《涅槃经》。后江南涅槃师根据南本涅槃经研究，产生涅槃学派。《涅槃》在南北朝极为流行，相当于《般若》之在魏晋。另有慧琳，深得宋帝赏识，参与政事，号称“黑衣宰相”，堪称古代佛教的社会活
动家。
刘宋一朝在文帝元嘉年间最盛，史称“元嘉之治”。文帝本人奉佛很虔诚，并且将佛教作为他文治政策的重要内容，在中国历史上第一次在政治上将佛教提到与儒学同等的地位，把佛教政策纳入治国“致太平”的轨道，效果极佳。史家将“文帝之政”作为六朝最善之政。当时外国来的表文，都称赞宋朝佛法昌明。婆婆达国在上表中，甚至赞美建康城(南京)“宫殿城郭，如忉利天宫”。其时朝庭大臣，崇信佛教者甚多，且多兼擅儒、玄与佛学。当时朝野上下，研付儒、玄、佛学，蔚为风气。建康寺院，集中了南北第一流的义学名僧。就译经而言，刘宋元嘉时期，是南北朝译经最多之时。
齐代诸帝及皇族、王公大臣大多崇信佛教。尤其是齐武帝的长子文惠太子和次子竟陵王肖子良名声卓着。肖子良以皇子居宰辅之职，在齐永明年间属执政地位。他又礼贤下士，接纳宾客。当时第一流的文士大多游集其门。肖子良在政界和文化界的领导地位，使他的奉佛活动具有会国性影响。肖子良曾和其兄文惠太子一起邀请名僧，演讲佛法。肖子良礼敬的僧人有僧佑、法度、玄畅、僧柔等。当时名僧基本上都和他有关系。他不仅在寺院设“华严斋”、“龙华会”等各种斋会，还舍身佛寺实行放生、施药等慈善事业，并亲手抄佛经七十一卷。肖子良本人佛学造诣甚深，在着作方面，撰有《净住子净行法门》、《注遗教经》、《维摩义略》等，对后世有很大影响。
齐永元二年(500)法度去世，弟子僧朗继承衣钵，主持摄山栖霞精舍，弘宣三论，继之有僧诠、法朗等，改变了江南的佛学风气，三论大兴而成实式微。至隋初吉藏开创三论宗。
齐时也有外国僧人到中国来，其中僧伽跋陀罗译了《善见律毗婆沙》，昙摩迦陀耶舍译《无量义经》，达摩摩提译了《法华经·提婆达多品》，还有求那毗地于齐建元初来到建康 ，译有《百喻经》、《十二因缘经》和《须达长者经》等。齐永明二年(484)开凿了栖霞山石窟，与云岗、龙门石窟几乎同时。
梁代四帝共五十六年，在梁武帝萧衍当政的四十八年间，内政良善，文教繁荣，出现了南朝文化的最盛期。南朝佛教至梁，达到了顶峰。梁武帝不只是在儒学、文学方面显示出卓越的才学，还笃信佛教，晚年则全心全意弘扬佛教。他结交当时的名僧，光宅寺法云、开善寺智藏、庄严寺的僧旻被称为梁的三大法师，其他如宝志、宝唱、僧佑等，都受到礼遇。梁武帝还倡建寺院，“都邑大寺七百余所、僧尼讲众常有万人”，特别是同泰寺(今鸡鸣寺前身)，极其壮丽，大通元年(527)竣工。其他如大爱敬寺、大智度寺、皇基寺、光宅寺、开善寺等也都是梁武帝所建造。
梁武帝还设大规模的斋会，四次舍身佛寺。中大通元年(529)九月梁武帝在同泰寺开设道俗五万人的四部无遮大会，舍身佛寺，群臣以一亿万钱将他赎回。他还造水陆大斋会，流传至今。武帝热心讲经，不但请僧人讲，还亲自讲经，经常宣讲的有《涅槃经》、《般若经》等。他还请当时的学问僧编着佛教书籍，他也亲自着作，据说有《涅槃经》、《大品经》、《净名经》等义疏百卷。存世的除《成佛义记》和《敕答臣下神灭论》外，还有译经序和有关佛教的诏、颂、文、赋、诗等。梁武帝坚持素食，不食肉，天监十年(公元511)，武帝亲自颁《断食酒肉文》，汉传佛教不食酒肉，由此始。后世流行的《梁皇忏》仪规，一般认为也由梁武帝始。
梁武帝的长子昭明太子，其弟简文帝、元帝都是信奉佛教的学者。昭明太子肖统精于佛义，着有《解二谛义》、《解法身义》等。
在梁武帝当政时，有许多着名高僧。
僧佑着有《弘明集》、《释迦谱》、《出三藏记集》。《弘明集》汇集了佛教传入中国以来的弘法护教方面的文献；《释迦谱》是记述释迦佛生平的现存的最古的中国撰述的佛典；《出三藏记集》是佛教经典目录方面的重要资料。宝唱编撰了《名僧传》、《比丘尼传》；慧皎除了作《涅槃经义疏》、《梵网经义疏》外，还编撰了《高僧传》，汇集了东汉明帝永平十年(67)至梁天监十八年(519)年四百五十三年间的高僧二百五十七人的正传和二百四十三人的副传。此书是中国初期佛教史的最可靠资料，是后来的《续高僧传》、和《宋高僧传》的样板。
梁武帝时另一重要事件即是达摩东来，于普通七年自广州到南京，曾晤梁武帝，对其言度僧写经乃人天小果，有漏之因，如影随形，虽有非实。并以禅言谓梁武帝的弘护佛教“但有福德，无有功德”。后因缘不契，遂折芦渡江，前往少室山。此为东土禅宗之始。
外国僧人僧伽婆罗、曼陀罗、真谛等也皆在梁时来到中国。 僧伽婆罗是扶南国(今柬埔塞)人，求那跋陀罗的弟子，译有《阿育王经》、《解脱道论》等。曼陀罗和婆罗译有《宝云经》、《法界体性经》、《文殊般若经》。真谛于大同十二年(546)到达南海，二年后至建康谒见梁武帝。他先后翻译了《十地论》、《摄大乘论释》、《中边分别论》以及《俱舍论》、《大乘起信论》、《如实论》等。真谛努力翻译《摄大乘论》，“专以摄论为宗”，摄论学派则以他所译《摄大乘论》为根据。
陈代历五帝三十三年。陈朝由于战乱，国土、政治均不如宋、齐、梁三代。在宋齐梁时建立的许多寺院，也在战乱中焚毁。总的说来，陈代佛教不如齐梁之盛。陈武帝于公元557年建国，即位当年，他设四部无遮大会，供奉佛牙，亲自礼拜。这佛牙据说是齐时僧统法献得自于阗，一直流传至陈。陈武帝及后来的陈文帝都效仿梁武帝，也舍身佛寺，召请高僧宣讲佛经。陈时外国僧人有月婆首那，西天竺人，于元嘉六年(565)在江兴洲兴业寺翻译了《胜天王般若经》。此外扶南国僧人须菩提译了《大乘宝云经》。真谛所译《摄论》、《摄论释》及《俱舍论》均在陈时完成，并与弟子道尼、慧旷等十二人，发愿共弘《摄》、《舍》二论，形成摄论学。陈时，僧诠四大弟子均在南京。慧布居南京郊区之栖霞(摄山)，法朗住南京城内皇兴寺，慧勇住大禅众寺，智辩住长干寺。尤其是法朗，得到陈武帝支持，门下人才济济，大弘《三论》，不久其弟子吉藏创三论宗。智者大师也于陈光大元年(公元567)来到南京，住瓦官寺讲《智论》、《次第禅门》。陈太建元年(公元579)，智顗又于瓦官寺开讲《法华经》，陈宣帝敕令群臣听讲。至德元年(公元583)又至金陵，在光宅寺讲《法华文句》。智顗在南京的讲经，实为创立天台宗的开端。
总的说来，南朝虽历经宋、齐、梁、陈四政权，但四朝诸帝无一例外都崇信佛教，因此，继东晋之后，整个南朝佛教全面发展。南朝寺院比东晋时增加一千余所，僧尼增加三倍多。南朝佛教不仅 译经鼎盛，在义学上也有较大发展，出现多种佛教师说，如三论学、涅槃学、毗昙学、摄论学等，为隋唐时期中国佛教大盛，判教立宗、出现各种宗派奠定了基础。
四、隋唐时期
公元581年，杨坚于北方灭北周而建立隋朝，589年南下灭陈，中国复归统一。隋朝由于隋炀帝的暴政，只有三十八年。公元618年，唐朝建立，至公元907年，长达二百九十年，是中国历史上政治、经济、文化都相当繁荣发达、对全人类具有较大贡献的历史时期。当历史由南北朝步入隋唐之时，中国佛教也进入了最辉煌的时期。随着国家的统一，南北朝时期以洛阳、长安、建康为三大佛教中心的局面结束。隋唐皆以长安为首都，以洛阳为东都。全国佛教的重心，基本在关中地区与河洛地区，南京不再为全国佛教的重镇。
隋文帝生于佛寺、养于佛寺，称帝后大力提倡佛教，广建寺庙，并颁诏保护佛教。隋炀帝也信奉佛教，特别礼敬智者大师。隋仁寿元年(公元601)，隋文帝诏令天下八十三州广建舍利塔，全国各地先后共建舍利塔一百十一座。南京栖霞山舍利塔即其中之一，也为仅存于世的一座。
隋代南京佛教较重要的是与创建三论宗和天台宗的因缘。陈隋之际，法朗于南京皇兴寺大弘三论之学。弟子中有吉藏，生于南京，七岁从法朗出家，19岁学有所成，在建初寺讲三论。后至会稽(绍兴)弘扬三论学，世称嘉祥大师。隋初，至长安日严寺，完成三论注疏，成为三论宗的实际创始者。法朗弟子智炬也曾在建初寺弘宣三论，听众常百人。天台宗三祖智在陈时即在南京瓦官寺、光宅寺讲经，陈之后离开南京。隋时又受晋王杨广(后为隋炀帝)礼请至扬州，授“智者大师”之号。隋开皇十五年(公元595)至南京撰《净名经疏》28卷，使南京佛教的义学研究有所深入。后至浙江天台山，为天台宗的实际创始人。因此，天台宗虽以天台宗标名，但仍视南京光宅寺、瓦官寺为其祖庭之一。
陈隋之际，南京佛教寺院遭兵火破坏严重，南朝所建许多大寺院遭毁。隋朝几十年间逐渐修复、重建寺院，至唐初，南京佛教又现繁荣之象。当时效区之栖霞寺乃天下名刹，为“天下四大丛林”之一。
盛唐时期佛教兴盛，传译既广，理解渐精，演成各个宗派。发生在南京地区的则有牛头宗。牛头宗是禅宗四祖道信下横出的一支。创始人为法融(594—660)，十九岁读《般若经》后，入茅山依三论宗僧炅法师出家。贞观十七年(643)于金陵(南京)牛头山北岩立茅茨，终日坐石室中。道信闻之前往寻访，付以所受僧璨顿悟法门。永徽二年(652)在建初寺讲《大般若经》，听者云集。着有《心铭》。此宗在于“排遣多言，着眼空寂”、“菩提本有，何须用守”，这种思想，显然成为后来的南宗先声。法融弟子在祖堂山上修有“牛头第一祖融大师塔”以志纪念，唐代诗人刘禹锡为撰塔铭。弟子及再传门人有智严、慧方、法持、智威、慧忠等。至八世纪习此禅法的还有鹤林玄素、径山法钦、鸟窠道林等人。当时，牛头禅法在常州天宁禅寺、镇江鹤林寺等江南名刹都有传承，至唐末渐衰。后由日本僧人最澄传入日本。
五、五代、宋、元、明时期
唐灭后，中国北方进入“五代”时期，南方则建立了九个政权，在江淮地区，先后有吴和南唐。南京为南唐政权之都，与杭州为当时南方佛教的两大中心。
南唐时期，文益禅师(885—958)为唐帝迎至金陵，住报恩禅院，后建清凉寺，在清凉寺三座道场， 求学的四方僧人不下千人。他的禅 法是 “对症施药，相身裁缝，随其量器，扫除情解”。对于只重直观，不重解义的流弊有所批评。南唐各帝皆信奉佛教，文益临终时，中主曾亲临方丈问疾。文益去世后，南唐中主李璟谥为“大法眼禅师”，塔号“无相”。其法系后人称为法眼宗。
南唐李后主酷好佛教，大造寺院，广聚僧众，并亲披袈裟课诵佛经，礼拜之勤，传头上生有瘤赘。其时佛寺之多，胜于元宋之世。当时高僧有休复、法镫、智明、清护、匡逸等，各有事迹。
宋代南京的佛教总的来说渐趋衰落，个别地方也有适当发展。史志记载，南京的佛教古刹，在太平兴国年间都得到修建。宋元丰年间(1068—1078)王安石舍宅为寺，即今半山寺，与方山的定林寺塔建于南宋乾道年间(1165—1173)，都是保存至今的宋代佛教遗迹。
宋时长芦寺真歇清了禅师为一代宗匠。禅宗临济派圆悟克勤曾住持南京蒋山寺，弘扬禅宗。至南宋高宗时前往金山寺，大振宗风。
元朝多崇喇嘛教，惟天历元年(1328)文宗图帖睦尔以潜宫改作大龙翔寺，以后移趾重建即金陵天界寺。
明初建都南京。洪武元年，明太祖朱元璋着力整顿佛教，每季于礼部考试僧官，在金陵天界寺设立善世院，命慧昙住持，管理全国佛教。又颁布一系列政令，仿宋制开僧衙门，设僧官，立制度。善世院后称僧录司，为僧界之中央，置统领、副统领、赞教、纪化等员。建国初期，朱元璋几乎每年都要在南京一些大寺院召集名僧，举办法会，为国祈福。其时灵谷寺、报恩寺、天界寺、规模庞大，称“金陵三大寺”。明初名僧如玘、宗泐，来复、仲义、道衍、慧昙等，都出任过僧官，在南京有过重要活动。明代四大师云栖祩宏、紫柏真可、憨山德清、藕益智旭以及云谷、袁了凡等都在南京留下弘法的业绩。
万历初(1573)，如馨(154—1615)在南京古林寺传戒，律学大振，古林为律宗中兴祖庭，如馨被称为南山律宗中兴第一代祖师，他的法徒三昧，及再传读体，在宝华山传戒，弘扬律学和戒法，对于近世律学重兴起了较大的作用。
明代南京重建新修了许多寺院，如栖霞寺于建炎四年(1130)火毁于金兵战火，洪武二十五年(1392)重建，明太祖敕书“栖霞寺”沿用至今；洪武十五年(1382)朱元璋为建陵寝，迁蒋山寺至钟山东麓建灵谷寺，朱元璋敕书“灵谷禅寺”，山门书“第一禅林”。永乐十年(1412)明成祖在南京建大报恩寺，规模恢宏，采用皇家宫阙规制。寺内建一座琉璃宝塔高三十二丈九尺，九层八面，表面用瓷砖，砌无数佛像，为明代最壮丽之佛教建筑，被欧洲传教士誉为世界奇观。永乐九年(1411)为纪念郑和下西洋建静海寺。至天启七年(1621)统计，南京有灵谷、报恩、天界三大寺；栖霞、鸡鸣、静海、弘觉、能仁五次大寺；普德、清凉、金陵、永庆、吉祥、弘济、高座、鹫峰、瓦官、碧峰等三十二中寺；华严、安隐、天隆寺、唱经楼等小寺一百二十处，不具名小寺百余处。
明代的《洪武南藏》又称《初刻南藏》，从洪武五年至三十一年(1372—1398)于南京雕印，收佛典一千六百部七千多卷；《永乐南藏》，通称《南藏》，从永乐十年至十五年(1412—1417)于南京刻印，为《洪武南藏》的石刻再印本，但略有改动，收佛典一千六百二十五部六千三百三十一卷。
六、清朝时期
清代以少数民族入主中原，采取提倡汉文化的政策，尊儒奉佛，巩固政权。佛教作为中华传统文化的重要组成部分，为清廷所崇奉。
清初历代皇室崇拜喇嘛教，但对汉传佛教也很支持。清初有些明代遗老遁迹佛门，不仕新朝，如着名画家龚贤自号扫叶僧，在清凉山善庆寺半亩园剃发隐居；明代状元焦再传门人江浦秀才郑继藩，剃发为僧，法名白药，在老山创建了兜率寺。清初南京有高僧觉浪、三昧、读体等。康熙、乾隆南巡，游历了南京着名古刹如栖霞寺、灵谷寺、鸡鸣寺、永济寺等，留下了许多题字题诗，对南京佛教也起到一定推动作用。太平天国期间，南京佛寺几乎毁坏殆尽。同治、光绪年间虽几经修葺、重建，但不过十取一二，终未能尽复旧观。此时全城首刹当推光绪十年(1884)在曾国藩与其弟曾国荃支持下所建的毗卢寺。清时四画僧之一的髡残居祖堂山献花岩、石子岗天隆寺，在其画中可寻周围山水风物。清朝中后期，南京佛教最为重要的是杨仁山居士(1837—1911)于同治五年(1866)所创办的金陵刻经处，致力于佛典的搜罗、整理、刻印，弘法四十余年，流通经典至百余万卷。又于光绪三十三(1907)年设僧学堂只洹精舍，创办近代佛教着名的居士道场，培养了欧阳渐、梅光羲、释太虚、释仁山等僧俗佛教人才。还组织了佛学研究会，研究佛学宣讲佛法。杨仁山居士为中国近代佛教的复兴，做出了巨大努力和杰出贡献，因之被誉“近代佛教复兴之父”。
